Stavanger Sjøfartsmuseum har to vitenskapelige stillinger. Begge er besatt av historikere.
Museets mest omfattende forskningsprosjekt heter "Rogalandsbåter". Prosjektet ble igangsatt i 1997 og vil pågå i flere år. Målsettingen er å framskaffe ny kunnskap om bygging og bruk av åpne bruksbåter av tre i Rogaland fylke.
Prosjektet består av følgende deler:
- Framskaffe primærdata om bestanden av slike båter
- Vurdere båtenes verneverdi
- Foreta et utvalg for nærmere dokumentasjon
- Detaljregistrering og forskning på utvalgte båter og båtbyggere
- Foreslå sikringstiltak for utvalgte båter
- Rekonstruere utvalgte båttyper
- Utgi boka "Rogalandsbåter"
Det er avholdt to prosjektseminarer med deltakelse av eksperter på nasjonalt nivå. Feltarbeidet ble igangsatt for fullt i 1998. Feltdata og primærkilder legges inn i databaser og bearbeides for forskningsformål.
Sjøfartsmuseets konservatorer har de siste årene publisert vitenskapelige arbeider om
- Sildefarten på Østersjøen på 1800-tallet.
- Norske nordsjøfiskerier under og etter første verdenskrig
- Egersund bys historie
- Stavanger Sjøfartsmuseums historie
Sjøfartsmuseets forskningsvirksomhet er for øvrig i hovedsak knyttet til følgende tema:
- 1800-talls økonomiske og kulturelle kontakter mellom Sørvestnorge og Baltikum
- Kvinners yrkesaktivitet i maritime næringer
- Stavanger bys historie
- Treskipsbygging i Rogaland
- Skipsportrettmalere fra Rogaland
- Fartøybestand og fartøybruk på bygdene i Rogaland på 1800-tallet
- Kulturminner i sjø og ferskvann